Autor: jebmd

Antes de examinar las tendencias actuales de transmisión comunitaria, he considerado mi deber investigar ciertas aparentes anomalías en los resultados recientes de las pruebas moleculares en Puerto Rico.

He encontrado que a partir de agosto ha aumentado significativamente la variabilidad de los resultados positivos de las pruebas moleculares. Aunque es posible que las diferencias se deban al perfil de riesgo de la población servida por cada laboratorio, es muy improbable que este factor explique cambios abruptos en los contagios reportados, como el aparente pico de más de 600 contagios observados el pasado 10 de septiembre.

 Una diferencia de 5% a 10% en la tasa de positividad separa a los principales laboratorios operando en la isla, un rango inaceptable cuando se intenta utilizar la tasa de positividad de 3% a 5% como alerta de transmisión comunitaria. Esta anomalía afecta la estimación tanto de la métrica de los casos confirmados como la tasa de positividad.

En ausencia de estimados fiables en esas dos métricas, las admisiones hospitalarias/ICU por COVID-19 quedan como la otra métrica más inmediata de alerta. La tendencia en esta métrica no demuestra aumento sostenido en transmisión comunitaria posterior al repunte de agosto.

El indicador más fiable, pero tardío, de transmisión comunitaria es la curva de defunciones por COVID-19. Esta métrica tampoco sugiere un aumento sostenido en transmisión comunitaria.

Esta curva es particularmente importante porque debe estar desfasada aproximadamente 12 días de la curva epidémica de contagios confirmados (por fecha de toma de muestra).

En resumen, es evidente una alta transmisión comunitaria (relativo a junio y julio) pero NO se observa evidencia de una aceleración sostenida de transmisión comunitaria. El abrupto aumento reciente (10 y 16 de septiembre) en la curva epidémica puede deberse a anomalías espurias de las pruebas de laboratorios, asunto a continuar investigándose.

La distribución multimodal de la curva de mortalidad probablemente refleje aumentos transitorios en la transmisión comunitaria relacionada a eventos gregarios, sobre impuestos a un nivel relativamente alto pero controlado de transmisión comunitaria.

Celebramos los infogramas recientemente publicados en la prensa sobre la situación de los brotes en la isla. Sin embargo, ante la ausencia de métricas fiables de positividad y contagios, los informes diarios de los brotes activos son la única herramienta disponible para alertar a la comunidad con prontitud. Urge que los equipos de epidemiólogos municipales puedan rendir informes diarios de los brotes activos en la isla.

Sobre las restricciones de la actividad económica

No considero sabio pensar que durante una pandemia la salud se protege únicamente mediante restricciones de la actividad económica (medidas de mitigación). Primero, porque la precariedad del sustento afecta directamente la salud física, además del impacto emocional del desempleo.

Segundo, porque la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2 se puede reducir mediante un sistema efectivo de diagnóstico precoz de los casos para su aislamiento, acompañado del rastreo de sus contactos para su cuarentena.  Esta función esencial del sistema de salud se dificulta en la presencia de una pandemia con un alto grado de transmisión asintomática y ante la ausencia de recursos humanos y diagnósticos (pruebas de laboratorios fiables y rápidas) para la identificación de casos y el rastreo de contactos.

Tercero, porque la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2 se puede reducir mediante la adopción universal de medidas de contención: prácticas de higiene, distanciamiento físico y el uso de mascarillas.

Estos últimos dos factores son los «frenos» para contener la velocidad de transmisión de la pandemia y mantenerla en un «equilibrio endémico» en la comunidad, mientras se procuran soluciones definitivas de vacunación y tratamiento.

Cuando no existen, se gastan o se queman los «frenos», entonces son necesarias medidas de mitigación (restricciones económicas) para evitar el colapso del sistema sanitario y para proteger el derecho a la vida, en tensión con el derecho al sustento. Debemos sopesar todos estos factores para tomar decisiones bien ponderadas.        

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CONSULTOR

José Becerra, MD, MPH, FACPM
Atlanta, GA and San Juan, Puerto Rico

Retired Centers for Disease Control Medical Epidemiologist

Adjunct Associate Professor of Epidemiology and Biostatistics
Graduate School of Public Health, Medical Sciences Campus
University of Puerto Rico

Existe confusión debido a mensajes contradictorios sobre la situación de la pandemia COVID-19 en Puerto Rico.  En el Departamento de Salud de Puerto Rico existen varios sistemas de detección, investigación y aislamiento de contagios con el consiguiente rastreo de los contactos COVID-19. Un sistema para ciertos municipios, otro para otros municipios, y otro para los hogares de ancianos. Cada uno reporta sin coordinación con el otro, utilizando métricas distintas, desfasados en el periodo de reportes y con resultados contradictorios respecto a la curva epidémica de casos únicos confirmados.

Hoy se reporta, con inexplicable atraso, el total de brotes por uno de los sistemas que reporta con fecha del 21 de agosto.

Alarmante alza en brotes de COVID-19. El recién estrenado sistema de rastreo municipal identificó 120 brotes durante los primeros 21 días de agosto, lo que vuelve a levantar el debate sobre las medidas a tomar para prevenir el contagio comunitario

En los primeros 21 días de agosto, se registraron 120 brotes alrededor de la isla, en comparación con los 20 reportados en junio y julio – El Nuevo Día, Sep 2020

¿Alarmante? En realidad, los casos confirmados han disminuido recientemente, la curva epidémica va a la baja, la tasa de positividad se ha reducido, los casos COVID-19 hospitalizados se han estabilizado por debajo del máximo alcanzado en agosto, así como la mortalidad. ¿Cuál es la alarma?  

Lo alarmante es el retraso en el reporte de los brotes, que todavía no sabemos sobre los brotes de ayer, ni de la semana pasada, que no sabemos cuántos son en relación con los casos COVID-19 confirmados, cuántos se mantienen activos y cuantos se han cerrado.

Lo alarmante es que se quieran utilizar datos sin contemporizar para desinformar, creando la falsa impresión de que existe actualmente un repunte de contagios, cuando en realidad lo que existe es una deficiencia en el reporte oportuno de los brotes.

Cada día España reporta:

Madrid, 23 jul (EFE).- España registró este jueves un nuevo récord diario de casos de Covid-19 desde el final del confinamiento de la población, con 971 contagios en las últimas 24 horas, mientras se aprueban medidas restrictivas en distintas ciudades ante el aumento de contagios vinculados al ocio nocturno.

Actualmente hay 281 brotes activos con más de 3.200 afectados, frente a los 224 con 2.622 de ayer, y hay transmisión comunitaria en las provincias de Barcelona, Zaragoza y Lleida, explicó en rueda de prensa María José Sierra, jefa de área del Centro de Coordinación de Alertas y Emergencias Sanitarias del Ministerio español de Sanidad.

¿Cuándo recibiremos un informe así para toda la isla?   

Es justificable hacer cumplir las normas salubristas vigentes para interrumpir y minimizar la transmisión comunitaria del SARS-Cov-2 en Puerto Rico. El reciente incidente en una finca de Morovis debe ser investigado a cabalidad y sus protagonistas deben ser penalizados.

Sin embargo, la meta de erradicar el SARS-CoV-2 en Puerto Rico, con ninguna transmisión comunitaria, es prematura, ilusa y peligrosa. Es ilusa porque, en ausencia de tratamientos y vacunas eficaces, no se puede erradicar una epidemia. La meta razonable es la contención y mitigación de la pandemia.

La meta de ninguna transmisión comunitaria —ahora— es peligrosa porque puede llevar a derivas autoritarias donde el estado como «tutor del bien común» limite libertades sin fuerte justificación basada en evidencia epidemiológica. El valor de cada vida humana es inestimable, pero «solamente está justificada la menor restricción posible de las libertades que sea compatible con la consecución de los legítimos fines de salud pública». [Referencia: notas personales de tertulias sobre bioética por Jorge Ferrer]     

Con fechas discrepantes, sin indicar aumento o disminución de brotes recientemente, los reportes sobre los brotes no son suficientes para tomar decisiones de cierre o reapertura por sectores económicos y regiones geográficas. No es responsable asumir posturas desinformadas, mientras quedan sin responder preguntas como:

¿Cuánto es razonable aumentar el RIESGO de un daño permanente a los niños de educación especial, sacrificando su aprendizaje presencial, por minimizar el RIESGO de que los abuelitos —y los propios docentes— mueran por COVID-19 en el próximo año?  

El valor de cada vida humana es inestimable, a cualquier edad, pero el RIESGO de daño a unos y otros es estimable y su estimación es necesaria para establecer balances, un equilibrio de principios y valores en tensión, que nos permitan deliberar razonablemente al procurar soluciones óptimas.  

«El curso de acción óptimo es aquel que entre los cursos de acción posible salva el mayor número de valores en juego y reduce al máximo los efectos negativos».  [Referencia: notas personales de tertulias sobre bioética por Jorge Ferrer]    

Ese es el gran reto BIOÉTICO al que nos enfrentamos y que no puede ser eludido por cortinas de humo de protagonismo mediático. -JB

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Anotación técnica: Durante la evaluación del «covímetro», una métrica basada en el porciento de cambio de nuevos contagios diarios, analizamos la correlación entre éste y el índice de transmisión (R). Nos percatamos de una correlación casi perfecta entre la media móvil («moving average») de 10 días del porciento de cambio diario, promediado éste último a 7 días, y la media móvil del índice de transmisión R calculado por un periodo de 7 días. Esa alta correlación (R²=99%) se reducía al 67% con el covímetro debido a que, durante su calibración, éste adoptó un periodo de más de 55 días al calcular la media móvil del porciento de cambio. Ese primer análisis se realizó para el periodo completo, desde el comienzo de la pandemia a mediados de marzo hasta agosto. Un análisis posterior, analizando lal curva epidémica desde mediados de junio hasta ahora, ha corroborado esa alta correlación utilizando diversos periodos para promediar las estimaciones.

Recién ha surgido el interés, por parte del Task Force económico, de entender mejor cómo se calcula ese índice, qué significa y su relevancia en un sistema de alerta de la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2.  El índice de transmisión (o número de reproducción) es simplemente el promedio de contagios directos generados por una persona infectada durante su periodo de contagiosidad. Es el índice más importante de toda epidemia, pues es el «motor» de la transmisión.  

El cálculo mas directo de Ro se obtiene de un modelo clásico de compartimentos, denominado SIR (susceptibles, infectados y recuperados) de transmisión de enfermedades infecciosas, que se representa por un sistema de ecuaciones diferenciales. Son modelos muy difíciles de calibrar con los datos de una epidemia en curso. El («time-varying» Rt) también denominado Re (para significar la R «efectiva») se diferencia de la Ro, el índice de transmisión inherente a la epidemia en una población totalmente susceptible, calculándose antes de implementar medidas de mitigación, tratamiento o vacunas.

Es más práctico y deseable derivar el índice de transmisión (Rt) a partir del ritmo de crecimiento (r) de la curva epidémica de casos diarios, siempre y cuando se usen valores apropiados para estimar el periodo promedio entre un contagio y su contagiado («serial Interval»). Como la curva epidémica suele oscilar de día a día, se utilizan periodos de 7 a 14 días para promediar la estimación de Rt, un intervalo que corresponde al máximo periodo de contagiosidad de un contagio activo. No debe sorprendernos, por tanto, que al calcular el porciento de cambio diario de nuevos contagios, promediado a 14 días, obtengamos una alta correlación con el Rt.

Sin embargo, ese nuevo índice pierde la relación con el motor de epidemia, desvinculando al ciudadano de su responsabilidad cívica individual de procurar reducir ese número de reproducción al mínimo mediante su conducta. Si cada ciudadano contagiado genera cero contagios, se reduce el Rt colectiva, conteniéndose la pandemia hasta que aparezcan vacunas o tratamientos efectivos.

Aun cuando se careza de las herramientas técnicas para calcular Rt, todo ciudadano puede calcular el porciento de cambio diario en contagios, promediado en diferentes periodos, para poder corroborar cambios en el índice de transmisión comunitaria. Las dos limitaciones principales del Rt son i) su dependencia en la detección de contagios (la curva epidémica), particularmente los asintomáticos en periodos de escasez de pruebas de laboratorio, y ii) la demora del reporte de los resultados desde los laboratorios, no permitiendo su estimación mas inmediata. Se recomienda que el Rt se utilice junto a la tasa de positividad de las pruebas moleculares para estimar tendencias en la transmisión comunitaria.  Esta tasa también tiene sus limitaciones: i) la demora del reporte de los resultados, particularmente los negativos, desde los laboratorios, y ii) cambios en patrones de las pruebas repetidas a individuos. Por tanto, se recomienda el uso de ambas métricas para detectar cambios en la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2, junto a otras métricas más directas e inmediatas, como el número de brotes activos y su distribución geográfica.

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PR COVID-19 Crude Positivity Rates Jun 15-Aug 23, 2020

Tasas ajustadas de positividad

Evolución del índice de transmisión del SARS-CoV-2 en Puerto Rico

Índice de transmisión del SARS-CoV-2
por Región de Salud de Puerto Rico

¿Qué es el indice de transmisión?

El índice R es el «motor» de la pandemia y el mejor índice de transmisión comunitaria.

• R > 1: aceleración (ritmo de crecimiento) de nuevos contagios
• R = 1: paridad de nuevos contagios (1:1, un contagio nuevo por cada contagioso)
• R < 1: deceleración (ritmo de reducción) de nuevos contagios

Aún cuando el indice R se mantenga cerca del 1, debido al alto número de contagios diarios (relativo a mayo y junio), la paridad de contagios nuevos respecto a contagios activos puede representar una carga insostenible por el sistema de salud.

Niveles de alerta en proceso de calibración:

• Rojo: transmisión comunitaria descontrolada (R> 1.50)
• Anaranjado: transmisión comunitaria acelerada (1.25 < R < 1.50)
• Amarillo: Transmisión comunitaria moderada (1 < R < 1.25)
• Verde: Camino a contener la transmisión comunitaria (R<1.00)

https://cepurinfo.wordpress.com/2020/08/23/calibrando/

¿Que relación guarda la tasa de positividad con el índice de transmisión?

Ambas métricas son sensibles a la cantidad de pruebas realizadas durante el periodo de observación. Cuando la cantidad de pruebas se mantiene constante, así como el número de pruebas por individuo, la correlación es muy alta.

Cuando se restringen las pruebas a los sintomáticos, disminuye la detección de contagios y aumenta la positividad. Sin embargo, son cambios operacionales que no necesariamente corresponden a cambios en la transmisión comunitaria.

Cuando aumentan ambos índices simultáneamente, es un indicador fiable de aumento en la transmisión comunitaria.

https://cepurinfo.wordpress.com/2020/08/28/anotacion-tecnica/

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ALERTA: aumento sostenido en hospitalizaciones COVID-19

Interpretación: El aumento en hospitalizaciones COVID-19, en conjunto con un alto nivel de tasas de positividad, es un indicador de aumento en la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2, como se refleja en la curva epidémica de contagios (casos únicos) confirmados por prueba molecular hace una semana.

De continuar el ritmo ascendente de casos COVID-19 confirmados del 3-4 agosto, y mientras consiguientemente asciendan las defunciones COVID-19, se deben considerar medidas más restrictivas de mitigación por parte del gobierno para disminuir la transmisión comunitaria.

Como sea, se hace necesario redoblar esfuerzos por parte de la ciudadanía respecto a medidas de protección personal (lavado de manos, uso de mascarillas, distanciamiento físico) para prevenir hospitalizaciones y defunciones por COVID-19.

De continuar esa tendencia ascendente en hospitalizaciones por COVID-19, es probable un aumento en defunciones COVID-19 en las próximas semanas.

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Análisis de las cuatro métricas

La curva epidémica de casos confirmados por prueba molecular

Tres muros para contener el SARS-CoV-2:

1. Disponibilidad de pruebas diagnósticas con resultados en 24-48 horas.
2. Red informática de transmisión oportuna y fiable de los resultados de las pruebas diagnósticas al Departamento de Salud.
3. Infra estructura salubrista para la detección temprana y el aislamiento de los contagios, así como para la investigación (rastreo) y cuarentena de los contactos.

El porciento de positividad de las pruebas moleculares

En la gráfica se observa su aumento (línea roja) a la vez que han disminuido las pruebas moleculares realizadas (barras sombreadas) . Esa disminución puede ser debida a demoras en el reporte desde los laboratorios o a restricciones en la selección de las personas que exhiban sintomas de COVID-19. En ambos casos, se produciría un aumento en la tasa cruda de positividad sin necesariamente relacionarse con un aumento aún mayor en la transmisión comunitaria. Indudablemente, se observa un aumento en la tasa de positividad, desde menos del 0.5% a más del 5% observado, mientras las pruebas moleculares se realizaban sin restricciones. Una vez se restringen las pruebas, y demoran más en reportarse, hay que considerar esos elementos al interpretar la tasa de positividad.

La ocupación hospitalaria por COVID-19

Ciertamente se observa un aumento desde cerca de 100 hospitalizaciones COVID-19 en junio hasta alrededor de 500 para finales de julio y principios de agosto. Ese cambio es atribuible al aumento en la transmisión comunitaria detectado por la tasa de positividad y por el repunte de la curva epidémica de casos confirmados. Sin embargo, no se detecta un incremento sino una reducción en las hospitalizaciones aún cuando el índice crudo de positividad continuó en aumento hasta rebasar el 10%. Es por eso que es razonable concluir que el aumento de la positividad más reciente (>10%) probablemente no indique un aumento aún mayor de la transmisión comunitaria, que ya se encuentra y se mantiene en un nivel de alerta (>5%).

La curva de mortalidad por COVID-19

Se observa una curva que refleja, con aproximadamente 2 semanas de desfase, la curva epidémica de contagios (casos COVID-19 confirmados). Tampoco se observa una tendencia acendente posterior al pico de 9 defunciones que pueda asociarse al incremento de la tasa cruda de positividad rebasando el 10%.

Tambien se puede observar que la magnitud de las defunciones (la amplitud de la curva) no es proporcional al efecto observado durante el pico del 30 de marzo. Con cerca de 80 casos confirmados en marzo 30 se observó un pico de 6 muertes en abril 13, mientras que con un maximo de 400 casos confirmados ahora se observa un pico de 9 muertes. Esto confirma la impresión diagnóstica de que este repunte se caracteriza por una proporción mayor de contagios asintómaticos y de personas más jóvenes, lo que redunda en una menor morbilidad (que requiera hospitalización) y letalidad (porque la tasa de letalidad es menor entre asintomáticos que entre sintomáticos). Las tasas de positividad por edad confirman esta impresión diagnóstica.

Comentario general:

• Es possible un aumento en la tasa cruda de positividad sin un aumento parelelo en hospitalizaciones ni en la mortalidad
• porque se estén captando proporcionalmente más contagios sintomáticos y más contagios entre la población más joven.

Conclusiones generales:

• La tasa cruda de positividad se encuentra actualmente por encima del umbral del 5% y es posible que rebase el 10%.
  
• Esa alta tasa de positividad probablemente refleja un aumento en la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2.
  
• El aumento en transmisión se ha reflejado parcialmente en la curva epidémica.
  
• La mayor proporción de asintomáticos y de población más joven entre los contagios recientes explica el impacto moderado en las hospitalizaciones y defunciones.
  
• En presencia de una mayor proporción de sintomáticos, la futura curva epidémica debe reinterpretarse utilizando factores de ponderación para estimar la incidencia real.
  
• Además de los índices de transmisión comunitaria, las decisiones sobre reapertura económica y de las escuelas deben considerar también la fragilidad de los tres muros de contención y del sistema sanitario.
  
• Son necesarias nuevas herramientas de monitoreo basadas en indicadores sencillos, fiables y oportunos para comunicar al público general el riesgo de contagio de COVID-19.

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Análisis epidemiológico de la situación actual del COVID-19 en PR

Existen cuatro métricas para tomarle el pulso a la pandemia COVID-19 en Puerto Rico: 

1. La curva epidémica de casos confirmados por prueba molecular.
2. El porciento de positividad de las pruebas moleculares.
3. La ocupación hospitalaria por COVID-19.
4. La curva de mortalidad por COVID-19.

y tres muros para contener el SARS-CoV-2:

1. Disponibilidad de pruebas diagnósticas con resultados en 24-48 horas.
2. Red informática de transmisión oportuna y fiable de los resultados de las pruebas diagnósticas al Departamento de Salud.
3. Infra estructura salubrista para la detección temprana y el aislamiento de los contagios, así como para la investigación (rastreo) y cuarentena de los contactos.

La fragilidad de esos tres muros de contención se ha hecho evidente durante el actual repunte de la pandemia, un repunte que ha triplicado los contagios confirmados en el primer pico. Los laboratorios no han podido acomodar el aumento en la demanda de pruebas diagnósticas, se ha interrumpido la transmisión regular de los resultados desde los laboratorios al Departamento de Salud y la naciente red de epidemiólogos municipales, con su equipo de apoyo, apenas ha tenido tiempo de instalarse para cubrir la necesidad a total capacidad.

Ante esta situación, necesitamos información fiable y oportuna sobre las cuatro métricas.

1. La curva epidémica de contagios confirmados por prueba molecular es una métrica fiable, gracias al trabajo de depuración realizado por el equipo de vigilancia epidemiológica del Departamento de Salud, que ahora nos permite discernir pruebas de casos sin duplicar. Esa curva no es indicativa de todos los casos, probablemente subestimando los contagios totales. Sin embargo, en ausencia de una curva epidémica por inicio de síntomas, la frecuencia relativa diaria por fecha de toma de muestra nos permite evaluar tendencias en la transmisión comunitaria (persona, tiempo y lugar).  

La curva epidémica de pruebas moleculares nos indica que, a pesar de los problemas de transmisión de los resultados de las pruebas realizadas, es muy probable que el pasado 13 de julio hayamos observado el máximo del segundo pico de la pandemia (400 contagios) y nos encontremos en una fase de meseta o de lento descenso del repunte.

  2. La positividad de las pruebas moleculares ha demostrado una tendencia al aumento desde su mínimo de 0.2% a mediados de junio hasta rebasar el 5% recientemente en julio, pero sin evidencia de sobrepasar el 10% al considerar los datos completos. Los datos más recientes no son los más fiables debido a que los resultados negativos demoran más en reportarse que los positivos.

Es importante considerar el impacto que la nueva directriz para realizar pruebas moleculares  tendrá sobre la interpretación de estas dos métricas. Una reducción de contagios confirmados y un aumento simultáneo en la tasa de positividad como resultado de estas nuevas guías complicaran el análisis de tendencias hasta que se estabilice la cantidad de pruebas realizadas diariamente.  

3. La ocupación hospitalaria por COVID-19, luego de haber aumentado desde menos de 100 a mediados de junio, se ha estabilizado en alrededor de 500 desde hace varios días. Se había proyectado una ocupación de 700 para el 31 de julio.

4. Las defunciones por COVID-19 continúan un ritmo aumentado pero estable similar al observado dos semanas posteriores al primer pico de la pandemia.

En conjunto, las cuatro métricas evidencian un aumento gradual de contagios COVID-19 desde principios del verano, exacerbado durante el fin de semana del 4 de julio. Aproximadamente 10-14 días más tarde, se observa el pico del 13 de julio, con el consiguiente aumento en hospitalizaciones. Ese aumento parece haberse contenido, aunque no extinguido, como lo demuestran los datos de mortalidad por COVID-19.

Aunque la población de 20-29 años ha predominado en el aumento de contagios recientes,

el reciente aumento en la mortalidad COVID-19 mayormente refleja el impacto del SARS-CoV-2 en la población de mayor de 50 años y no en la población mas joven y menos vulnerable.

En resumen: ante la ausencia de evidencia de un aumento en los contagios confirmados a partir del 13 de julio, de un aumento en la tasa de positividad que rebase el 10% con los datos completos y de un aumento sostenido en las hospitalizaciones por COVID-19, es razonable concluir que las medidas de mitigación tomadas a partir del 17 de julio han sido suficientes para asimilar el impacto del repunte hasta ahora. Los tres muros de contención del SARS-CoV-2 son muy frágiles, por lo cual no se puede bajar la guardia en la vigilancia epidemiológica que nos permite obtener información fiable y oportuna para tomar decisiones. La educación a la comunidad y el cumplimiento estricto de las medidas vigentes de contención y de mitigación por la comunidad residente y por los turistas son elementos esenciales de esa estrategia.   

Redactado en colaboración con el Dr. Miguel Valencia (Departamento de Salud).

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