Mes: agosto 2020

Anotación técnica: Durante la evaluación del «covímetro», una métrica basada en el porciento de cambio de nuevos contagios diarios, analizamos la correlación entre éste y el índice de transmisión (R). Nos percatamos de una correlación casi perfecta entre la media móvil («moving average») de 10 días del porciento de cambio diario, promediado éste último a 7 días, y la media móvil del índice de transmisión R calculado por un periodo de 7 días. Esa alta correlación (R²=99%) se reducía al 67% con el covímetro debido a que, durante su calibración, éste adoptó un periodo de más de 55 días al calcular la media móvil del porciento de cambio. Ese primer análisis se realizó para el periodo completo, desde el comienzo de la pandemia a mediados de marzo hasta agosto. Un análisis posterior, analizando lal curva epidémica desde mediados de junio hasta ahora, ha corroborado esa alta correlación utilizando diversos periodos para promediar las estimaciones.

Recién ha surgido el interés, por parte del Task Force económico, de entender mejor cómo se calcula ese índice, qué significa y su relevancia en un sistema de alerta de la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2.  El índice de transmisión (o número de reproducción) es simplemente el promedio de contagios directos generados por una persona infectada durante su periodo de contagiosidad. Es el índice más importante de toda epidemia, pues es el «motor» de la transmisión.  

El cálculo mas directo de Ro se obtiene de un modelo clásico de compartimentos, denominado SIR (susceptibles, infectados y recuperados) de transmisión de enfermedades infecciosas, que se representa por un sistema de ecuaciones diferenciales. Son modelos muy difíciles de calibrar con los datos de una epidemia en curso. El («time-varying» Rt) también denominado Re (para significar la R «efectiva») se diferencia de la Ro, el índice de transmisión inherente a la epidemia en una población totalmente susceptible, calculándose antes de implementar medidas de mitigación, tratamiento o vacunas.

Es más práctico y deseable derivar el índice de transmisión (Rt) a partir del ritmo de crecimiento (r) de la curva epidémica de casos diarios, siempre y cuando se usen valores apropiados para estimar el periodo promedio entre un contagio y su contagiado («serial Interval»). Como la curva epidémica suele oscilar de día a día, se utilizan periodos de 7 a 14 días para promediar la estimación de Rt, un intervalo que corresponde al máximo periodo de contagiosidad de un contagio activo. No debe sorprendernos, por tanto, que al calcular el porciento de cambio diario de nuevos contagios, promediado a 14 días, obtengamos una alta correlación con el Rt.

Sin embargo, ese nuevo índice pierde la relación con el motor de epidemia, desvinculando al ciudadano de su responsabilidad cívica individual de procurar reducir ese número de reproducción al mínimo mediante su conducta. Si cada ciudadano contagiado genera cero contagios, se reduce el Rt colectiva, conteniéndose la pandemia hasta que aparezcan vacunas o tratamientos efectivos.

Aun cuando se careza de las herramientas técnicas para calcular Rt, todo ciudadano puede calcular el porciento de cambio diario en contagios, promediado en diferentes periodos, para poder corroborar cambios en el índice de transmisión comunitaria. Las dos limitaciones principales del Rt son i) su dependencia en la detección de contagios (la curva epidémica), particularmente los asintomáticos en periodos de escasez de pruebas de laboratorio, y ii) la demora del reporte de los resultados desde los laboratorios, no permitiendo su estimación mas inmediata. Se recomienda que el Rt se utilice junto a la tasa de positividad de las pruebas moleculares para estimar tendencias en la transmisión comunitaria.  Esta tasa también tiene sus limitaciones: i) la demora del reporte de los resultados, particularmente los negativos, desde los laboratorios, y ii) cambios en patrones de las pruebas repetidas a individuos. Por tanto, se recomienda el uso de ambas métricas para detectar cambios en la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2, junto a otras métricas más directas e inmediatas, como el número de brotes activos y su distribución geográfica.

COVIDPR.pitirres.org

CONSULTOR

José Becerra, MD, MPH, FACPM
Atlanta, GA and San Juan, Puerto Rico

Retired Centers for Disease Control Medical Epidemiologist

Adjunct Associate Professor of Epidemiology and Biostatistics
Graduate School of Public Health, Medical Sciences Campus
University of Puerto Rico

PR COVID-19 Crude Positivity Rates Jun 15-Aug 23, 2020

Tasas ajustadas de positividad

Evolución del índice de transmisión del SARS-CoV-2 en Puerto Rico

Índice de transmisión del SARS-CoV-2
por Región de Salud de Puerto Rico

¿Qué es el indice de transmisión?

El índice R es el «motor» de la pandemia y el mejor índice de transmisión comunitaria.

• R > 1: aceleración (ritmo de crecimiento) de nuevos contagios
• R = 1: paridad de nuevos contagios (1:1, un contagio nuevo por cada contagioso)
• R < 1: deceleración (ritmo de reducción) de nuevos contagios

Aún cuando el indice R se mantenga cerca del 1, debido al alto número de contagios diarios (relativo a mayo y junio), la paridad de contagios nuevos respecto a contagios activos puede representar una carga insostenible por el sistema de salud.

Niveles de alerta en proceso de calibración:

• Rojo: transmisión comunitaria descontrolada (R> 1.50)
• Anaranjado: transmisión comunitaria acelerada (1.25 < R < 1.50)
• Amarillo: Transmisión comunitaria moderada (1 < R < 1.25)
• Verde: Camino a contener la transmisión comunitaria (R<1.00)

https://cepurinfo.wordpress.com/2020/08/23/calibrando/

¿Que relación guarda la tasa de positividad con el índice de transmisión?

Ambas métricas son sensibles a la cantidad de pruebas realizadas durante el periodo de observación. Cuando la cantidad de pruebas se mantiene constante, así como el número de pruebas por individuo, la correlación es muy alta.

Cuando se restringen las pruebas a los sintomáticos, disminuye la detección de contagios y aumenta la positividad. Sin embargo, son cambios operacionales que no necesariamente corresponden a cambios en la transmisión comunitaria.

Cuando aumentan ambos índices simultáneamente, es un indicador fiable de aumento en la transmisión comunitaria.

https://cepurinfo.wordpress.com/2020/08/28/anotacion-tecnica/

COVIDPR.pitirres.org

CONSULTOR

José Becerra, MD, MPH, FACPM
Atlanta, GA and San Juan, Puerto Rico

Retired Centers for Disease Control Medical Epidemiologist

Adjunct Associate Professor of Epidemiology and Biostatistics
Graduate School of Public Health, Medical Sciences Campus
University of Puerto Rico

Compártelo:

ALERTA: aumento sostenido en hospitalizaciones COVID-19

Interpretación: El aumento en hospitalizaciones COVID-19, en conjunto con un alto nivel de tasas de positividad, es un indicador de aumento en la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2, como se refleja en la curva epidémica de contagios (casos únicos) confirmados por prueba molecular hace una semana.

De continuar el ritmo ascendente de casos COVID-19 confirmados del 3-4 agosto, y mientras consiguientemente asciendan las defunciones COVID-19, se deben considerar medidas más restrictivas de mitigación por parte del gobierno para disminuir la transmisión comunitaria.

Como sea, se hace necesario redoblar esfuerzos por parte de la ciudadanía respecto a medidas de protección personal (lavado de manos, uso de mascarillas, distanciamiento físico) para prevenir hospitalizaciones y defunciones por COVID-19.

De continuar esa tendencia ascendente en hospitalizaciones por COVID-19, es probable un aumento en defunciones COVID-19 en las próximas semanas.

COVIDPR.pitirres.org

CONSULTOR

José Becerra, MD, MPH, FACPM
Atlanta, GA and San Juan, Puerto Rico

Retired Centers for Disease Control Medical Epidemiologist

Adjunct Associate Professor of Epidemiology and Biostatistics
Graduate School of Public Health, Medical Sciences Campus
University of Puerto Rico

Análisis de las cuatro métricas

La curva epidémica de casos confirmados por prueba molecular

Tres muros para contener el SARS-CoV-2:

1. Disponibilidad de pruebas diagnósticas con resultados en 24-48 horas.
2. Red informática de transmisión oportuna y fiable de los resultados de las pruebas diagnósticas al Departamento de Salud.
3. Infra estructura salubrista para la detección temprana y el aislamiento de los contagios, así como para la investigación (rastreo) y cuarentena de los contactos.

El porciento de positividad de las pruebas moleculares

En la gráfica se observa su aumento (línea roja) a la vez que han disminuido las pruebas moleculares realizadas (barras sombreadas) . Esa disminución puede ser debida a demoras en el reporte desde los laboratorios o a restricciones en la selección de las personas que exhiban sintomas de COVID-19. En ambos casos, se produciría un aumento en la tasa cruda de positividad sin necesariamente relacionarse con un aumento aún mayor en la transmisión comunitaria. Indudablemente, se observa un aumento en la tasa de positividad, desde menos del 0.5% a más del 5% observado, mientras las pruebas moleculares se realizaban sin restricciones. Una vez se restringen las pruebas, y demoran más en reportarse, hay que considerar esos elementos al interpretar la tasa de positividad.

La ocupación hospitalaria por COVID-19

Ciertamente se observa un aumento desde cerca de 100 hospitalizaciones COVID-19 en junio hasta alrededor de 500 para finales de julio y principios de agosto. Ese cambio es atribuible al aumento en la transmisión comunitaria detectado por la tasa de positividad y por el repunte de la curva epidémica de casos confirmados. Sin embargo, no se detecta un incremento sino una reducción en las hospitalizaciones aún cuando el índice crudo de positividad continuó en aumento hasta rebasar el 10%. Es por eso que es razonable concluir que el aumento de la positividad más reciente (>10%) probablemente no indique un aumento aún mayor de la transmisión comunitaria, que ya se encuentra y se mantiene en un nivel de alerta (>5%).

La curva de mortalidad por COVID-19

Se observa una curva que refleja, con aproximadamente 2 semanas de desfase, la curva epidémica de contagios (casos COVID-19 confirmados). Tampoco se observa una tendencia acendente posterior al pico de 9 defunciones que pueda asociarse al incremento de la tasa cruda de positividad rebasando el 10%.

Tambien se puede observar que la magnitud de las defunciones (la amplitud de la curva) no es proporcional al efecto observado durante el pico del 30 de marzo. Con cerca de 80 casos confirmados en marzo 30 se observó un pico de 6 muertes en abril 13, mientras que con un maximo de 400 casos confirmados ahora se observa un pico de 9 muertes. Esto confirma la impresión diagnóstica de que este repunte se caracteriza por una proporción mayor de contagios asintómaticos y de personas más jóvenes, lo que redunda en una menor morbilidad (que requiera hospitalización) y letalidad (porque la tasa de letalidad es menor entre asintomáticos que entre sintomáticos). Las tasas de positividad por edad confirman esta impresión diagnóstica.

Comentario general:

• Es possible un aumento en la tasa cruda de positividad sin un aumento parelelo en hospitalizaciones ni en la mortalidad
• porque se estén captando proporcionalmente más contagios sintomáticos y más contagios entre la población más joven.

Conclusiones generales:

• La tasa cruda de positividad se encuentra actualmente por encima del umbral del 5% y es posible que rebase el 10%.
  
• Esa alta tasa de positividad probablemente refleja un aumento en la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2.
  
• El aumento en transmisión se ha reflejado parcialmente en la curva epidémica.
  
• La mayor proporción de asintomáticos y de población más joven entre los contagios recientes explica el impacto moderado en las hospitalizaciones y defunciones.
  
• En presencia de una mayor proporción de sintomáticos, la futura curva epidémica debe reinterpretarse utilizando factores de ponderación para estimar la incidencia real.
  
• Además de los índices de transmisión comunitaria, las decisiones sobre reapertura económica y de las escuelas deben considerar también la fragilidad de los tres muros de contención y del sistema sanitario.
  
• Son necesarias nuevas herramientas de monitoreo basadas en indicadores sencillos, fiables y oportunos para comunicar al público general el riesgo de contagio de COVID-19.

COVIDPR.pitirres.org

CONSULTOR

José Becerra, MD, MPH, FACPM
Atlanta, GA and San Juan, Puerto Rico

Retired Centers for Disease Control Medical Epidemiologist

Adjunct Associate Professor of Epidemiology and Biostatistics
Graduate School of Public Health, Medical Sciences Campus
University of Puerto Rico

Análisis epidemiológico de la situación actual del COVID-19 en PR

Existen cuatro métricas para tomarle el pulso a la pandemia COVID-19 en Puerto Rico: 

1. La curva epidémica de casos confirmados por prueba molecular.
2. El porciento de positividad de las pruebas moleculares.
3. La ocupación hospitalaria por COVID-19.
4. La curva de mortalidad por COVID-19.

y tres muros para contener el SARS-CoV-2:

1. Disponibilidad de pruebas diagnósticas con resultados en 24-48 horas.
2. Red informática de transmisión oportuna y fiable de los resultados de las pruebas diagnósticas al Departamento de Salud.
3. Infra estructura salubrista para la detección temprana y el aislamiento de los contagios, así como para la investigación (rastreo) y cuarentena de los contactos.

La fragilidad de esos tres muros de contención se ha hecho evidente durante el actual repunte de la pandemia, un repunte que ha triplicado los contagios confirmados en el primer pico. Los laboratorios no han podido acomodar el aumento en la demanda de pruebas diagnósticas, se ha interrumpido la transmisión regular de los resultados desde los laboratorios al Departamento de Salud y la naciente red de epidemiólogos municipales, con su equipo de apoyo, apenas ha tenido tiempo de instalarse para cubrir la necesidad a total capacidad.

Ante esta situación, necesitamos información fiable y oportuna sobre las cuatro métricas.

1. La curva epidémica de contagios confirmados por prueba molecular es una métrica fiable, gracias al trabajo de depuración realizado por el equipo de vigilancia epidemiológica del Departamento de Salud, que ahora nos permite discernir pruebas de casos sin duplicar. Esa curva no es indicativa de todos los casos, probablemente subestimando los contagios totales. Sin embargo, en ausencia de una curva epidémica por inicio de síntomas, la frecuencia relativa diaria por fecha de toma de muestra nos permite evaluar tendencias en la transmisión comunitaria (persona, tiempo y lugar).  

La curva epidémica de pruebas moleculares nos indica que, a pesar de los problemas de transmisión de los resultados de las pruebas realizadas, es muy probable que el pasado 13 de julio hayamos observado el máximo del segundo pico de la pandemia (400 contagios) y nos encontremos en una fase de meseta o de lento descenso del repunte.

  2. La positividad de las pruebas moleculares ha demostrado una tendencia al aumento desde su mínimo de 0.2% a mediados de junio hasta rebasar el 5% recientemente en julio, pero sin evidencia de sobrepasar el 10% al considerar los datos completos. Los datos más recientes no son los más fiables debido a que los resultados negativos demoran más en reportarse que los positivos.

Es importante considerar el impacto que la nueva directriz para realizar pruebas moleculares  tendrá sobre la interpretación de estas dos métricas. Una reducción de contagios confirmados y un aumento simultáneo en la tasa de positividad como resultado de estas nuevas guías complicaran el análisis de tendencias hasta que se estabilice la cantidad de pruebas realizadas diariamente.  

3. La ocupación hospitalaria por COVID-19, luego de haber aumentado desde menos de 100 a mediados de junio, se ha estabilizado en alrededor de 500 desde hace varios días. Se había proyectado una ocupación de 700 para el 31 de julio.

4. Las defunciones por COVID-19 continúan un ritmo aumentado pero estable similar al observado dos semanas posteriores al primer pico de la pandemia.

En conjunto, las cuatro métricas evidencian un aumento gradual de contagios COVID-19 desde principios del verano, exacerbado durante el fin de semana del 4 de julio. Aproximadamente 10-14 días más tarde, se observa el pico del 13 de julio, con el consiguiente aumento en hospitalizaciones. Ese aumento parece haberse contenido, aunque no extinguido, como lo demuestran los datos de mortalidad por COVID-19.

Aunque la población de 20-29 años ha predominado en el aumento de contagios recientes,

el reciente aumento en la mortalidad COVID-19 mayormente refleja el impacto del SARS-CoV-2 en la población de mayor de 50 años y no en la población mas joven y menos vulnerable.

En resumen: ante la ausencia de evidencia de un aumento en los contagios confirmados a partir del 13 de julio, de un aumento en la tasa de positividad que rebase el 10% con los datos completos y de un aumento sostenido en las hospitalizaciones por COVID-19, es razonable concluir que las medidas de mitigación tomadas a partir del 17 de julio han sido suficientes para asimilar el impacto del repunte hasta ahora. Los tres muros de contención del SARS-CoV-2 son muy frágiles, por lo cual no se puede bajar la guardia en la vigilancia epidemiológica que nos permite obtener información fiable y oportuna para tomar decisiones. La educación a la comunidad y el cumplimiento estricto de las medidas vigentes de contención y de mitigación por la comunidad residente y por los turistas son elementos esenciales de esa estrategia.   

Redactado en colaboración con el Dr. Miguel Valencia (Departamento de Salud).

COVIDPR.pitirres.org

CONSULTOR

José Becerra, MD, MPH, FACPM
Atlanta, GA and San Juan, Puerto Rico

Retired Centers for Disease Control Medical Epidemiologist

Adjunct Associate Professor of Epidemiology and Biostatistics
Graduate School of Public Health, Medical Sciences Campus
University of Puerto Rico