COVID-19, Puerto Rico

La meseta

Debemos ser cautos al reportar la tasa de positividad de las pruebas moleculares del COVID-19, una métrica crucial —en conjunto a la curva epidémica— para monitorear la transmisión comunitaria del SARS-Cov-2 en Puerto Rico. La paradoja es ésta: los datos más recientes no siempre son los más fiables. Esto es debido a que las pruebas negativas demoran más que las positivas en transmitirse desde los laboratorios al Departamento de Salud. Esa demora desigual infla temporalmente la tasa de positividad. No se debe reemplazar el valor puntual de la positividad por la tendencia estimada de los resultados más recientes sin alertar debidamente al lector al respecto.

Ojo: Interpreten los resultados de la última semana con cautela. Los resultados se tardan en llegar lo cual resulta en más variabilidad dado a que hay pocas pruebas reportadas para los últimos 5-6 días. También es posible que haya un sesgo si los positivos se reportan más temprano que los negativos. –Dashboard Harvard

Los estimados más fiables, como los reporta el Departamento de Salud, indican que actualmente la tasa de positividad de las pruebas moleculares es menor del 8%.

Figura 1a. Datos: Departamento de Salud (Visualización: Dr. Valencia)

Existe una buena expectativa de que no rebase el 10% durante la meseta de contagios que se avecina. Esto es, si se cumplen responsablemente las medidas de contención (higiene, distanciamiento físico, uso de mascarillas) por parte de la ciudadanía y si el gobierno continúa reevaluando el plan de reapertura de la economía e implentándolo de acuerdo con criterios basados en la evidencia científica.

Figura 1b. Curva epidémica de casos COVID-19 confirmados hasta el 24 de julio, 2020.
Fuente: Departamento de Salud

Hablamos de «meseta», y no de «pico» porque, a diferencia del pico anterior, es más probable que no se pueda implementar un «lockdown» que permita reducir la transmisión comunitaria a los niveles previos del actual repunte. Hasta que surjan tratamientos y vacunaciones seguras y eficaces, la transmisión comunitaria no se puede erradicar, pero sí se puede controlar.

De acuerdo con el actual ritmo de crecimiento de la curva epidémica, el número de reproducción efectiva (Re) se estima en cerca de 1.5, esto es, el promedio de nuevos contagios que genera un contagio. Mientras continúe el número Re por encima de 1, seguirán aumentando los contagios y las hospitalizaciones por COVID-19. Sin embargo, una disminución en el total de pruebas moleculares realizadas (por indisponibilidad) podría afectar el análisis. En esa situación se observaría un aparente aumento en positividad y una disminución de contagios en la curva epidémica, dando lugar a cambios artificiales en la interpretación de la transmisión comunitaria.

Debido a la demora en actualizar la curva epidémica, el impacto del crecimiento de contagios en las hospitalizaciones es casi simultáneo. Por ejemplo, hoy 25 de julio se reportan los datos al 24 de julio que indican que el pasado 13 de julio se rebasó la cifra de 360 contagios, representando un aumento porcentual paralelo al aumento en hospitalizaciones al día de ayer (de 460 a 496).

Es necesario continuar reforzando los tres laterales del TRIANGULO PROTECTOR

que permiten controlar la transmisión comunitaria a niveles sostenibles por el sistema hospitalario, así como ofrecer un mínimo de seguridad para reabrir los planteles escolares. Sin esos muros reforzados de contención contra el SARS-CoV-2 puede colapsar el sistema sanitario —ambulatorio y hospitalario—como también tendrían que cerrar las escuelas. De igual modo, esos tres muros son esenciales para controlar contagios importados desde los puertos de entrada a la isla.

Las proyecciones de hospitalizaciones por COVID-19 se han reducido de un estimado original de cerca de 1,000 para final de mes hasta cerca de 700. Esto puede ser debido a que ya se observe el impacto de las nuevas medidas de mitigación y a un aumento reciente en las prácticas de contención por parte de la ciudadanía. También es importante señalar que los contagios del grupo de < 30 años, que han aumentado más relativo a otros grupos, necesiten menos hospitalizaciones. El impacto retardado en las hospitalizaciones de otros grupos de mayor vulnerabilidad queda por verse.

Figura 3. Las proyecciones hospitalarias son actualizadas diariamente.
Observar la amplitud de la franja predictiva de incertidumbre (80% azul oscuro; 95% azul claro).

La reapertura escolar debe estar predicada en las recomendaciones originales del CDC, fundamentadas en la evidencia científica, recomendaciones que se revisan según se acumula nueva evidencia extraída de los estudios científicos sobre el SARS-CoV-2 en niños.

Es crucial conocer el nivel de transmisión comunitaria en la localidad de cada escuela y contar con una infra estructura salubrista municipal, integrada a los niveles regionales y centrales, para monitorear oportunamente el riesgo de transmisión, así como para detectar y aislar contagios e investigar (rastrear) y disponer de los contactos (cuarentena). La disponibilidad de pruebas moleculares, con resultados en menos de 48 horas, y una capacidad de investigar al menos 80% de los contactos en 96 horas es una métrica necesaria.

En resumen, la incertidumbre respecto al futuro desarrollo de la pandemia COVID-19 en Puerto Rico —y su impacto en el sistema sanitario, en el sistema de educación y en la economía— se reduce cuando cada ciudadano asume su responsabilidad de proteger su salud y la salud de todos, así como el gobierno implementa medidas de mitigación ajustadas al nivel de riesgo estimado por la evidencia científica respecto a la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2.


COVIDPR.pitirres.org

CONSULTOR

José Becerra, MD, MPH, FACPM
Atlanta, GA and San Juan, Puerto Rico

Retired Centers for Disease Control Medical Epidemiologist

Adjunct Associate Professor of Epidemiology and Biostatistics
Graduate School of Public Health, Medical Sciences Campus
University of Puerto Rico

COVID-19 PR

Navegando el repunte

Primera crónica de un repunte anunciado

El pasado 3 de julio alertamos del repunte, reseñado en la prensa el 4 de julio. Una semana después se confirmó, Dos semanas después podemos comenzar a estimar la magnitud del repunte de la pandemia COVID-19 en Puerto Rico.

El rezago en reportar estadísticas razonablemente completas es debido a la demora en el tránsito de los resultados desde la fecha en que se toma la muestra hasta que se reporta al Departamento de Salud. Los datos más recientes son siempre los más incompletos. Esa demora se complica por el reciente anuncio de que los laboratorios se encuentran operando sobre su capacidad y con limitación de los reactivos.

Toledo explicó que al momento el laboratorio está procesando pruebas recibidas el viernes, por lo que ya existe un atraso marcado en la emisión de los resultados. Precisó que hasta la semana pasada podía entregar resultados en 24 horas, pero ahora ese tiempo se extendió a por lo menos tres días. –Nuevo Día

El pico de la primera fase de la pandemia en Puerto Rico ocurrió el 30 de marzo con 85 contagios confirmados. El pasado 3 de julio se rebasó la cifra de 100 contagios diarios. Para el 7 de julio, el ascenso hacia el segundo pico ya remontaba los 200 casos. Según se completen las estadísticas retroactivamente, se continuará documentando el ascenso del segundo pico en curso.

Figura 1. Curva epidémica de contagios COVID-19 en Puerto Rico.
Fuente: Departamento de Salud

Existen cuatro métricas principales para tomarle el pulso a la pandemia: la curva epidémica de los casos (contagios) confirmados por prueba molecular (sin duplicar), el porciento de positividad de las pruebas moleculares (con duplicados), las hospitalizaciones y las defunciones por COVID-19. Las hospitalizaciones y las defunciones naturalmente ocurren varias semanas posterior a la fecha en que ocurre la infección. Ante la indisponibilidad de los datos epidemiológicos vinculados a los datos de laboratorio, se aproxima la fecha del inicio de la enfermedad por la fecha de la toma de la muestra.

Figura 2. Fuente: Departamento de Salud

El porciento de positividad es una métrica importante para confirmar que el aumento de los contagios reportados en la curva epidémica corresponda a un aumento real de la transmisión comunitaria y no a un aumento aparente debido a un mayor número de pruebas realizadas. Los datos y las tendencias reflejados en la Figura 2 confirman que es un aumento real y que rebasa el umbral del 5% indicado por la OMS como alarma para reforzar pautas gubernamentales, comunitarias e individuales para prevenir la transmisión comunitaria descontrolada del SARS-CoV-2.

Como es de esperar, las hospitalizaciones por COVID-19 (Figura 3) reflejan los cambios en la curva epidémica de las semanas anteriores, así como, más retardadamente, las defunciones (Figura 4). Es necesario señalar la deficiencia actual de los datos de ocupación hospitalaria carentes del número de admisiones diarias y sus estancias hospitalarias, así como las transferencias diarias a unidades de cuido intensivos con o sin uso de ventiladores.

Figura 3. Hospitalizaciones COVID-19 desde el 6 hasta el 17 de julio, 2020.
Franja de predicción: «exponential smoothing » (ets)

Figura 4. Defunciones COVID-19 en Puerto Rico.
Fuente: Departamento de Salud

Todos los datos y las tendencias indican consistentemente que nos encontramos en una fase exponencial de crecimiento de contagios en este repunte de la pandemia COVID-19 en Puerto Rico.

Figura 5. Crecimimiento exponencial de los contagios COVID-19: ~ 12% diario.
Datos reportados al 17 de julio. Fines de semana imputados por interporlación.

Aún así, es necesaria una quinta métrica: monitorear la capacidad del sistema sanitario (central, regional y local) para reportar los brotes de contagios clasificados en activos (potencial de aumentar contagios), controlados (todos los casos están identificados y confinados) y cerrados (si ya no pueden generar más casos). El descontrol ocurre cuando la cantidad de contagios rebasa la capacidad del sistema sanitario para detectarlos y confinarlos oportunamente, así como para investigar sus contactos.

La importancia de detectar, aislar y controlar los posibles brotes es uno de los tres laterales del TRIANGULO PROTECTOR de defensa contra el SARS-CoV-2. Los otros dos son la disponibilidad de laboratorios —adecuada a la necesidad— y una red informática fiable y oportuna. Es necesario reforzar esos tres muros de contención para contener y mitigar la pandenia COVID-19 en Puerto Rico.


COVIDPR.pitirres.org

CONSULTOR

José Becerra, MD, MPH, FACPM
Atlanta, GA and San Juan, Puerto Rico

Retired Centers for Disease Control Medical Epidemiologist

Adjunct Associate Professor of Epidemiology and Biostatistics
Graduate School of Public Health, Medical Sciences Campus
University of Puerto Rico

COVID-19 PR

Repunte confirmado

Como ya habíamos alertado hace una semana, el Departamento de Salud confirma hoy que para la semana pasada se rebasó la cifra del pico anterior de la pandemia COVID-19 en Puerto Rico. Durante el pico del 30 de marzo se reportaron 85 contagios confirmados. En comparación, para el 2 y 3 julio ya se han reportado 95 y 106 contagios, respectivamente. Estas cifras pueden aumentar según se completa el registro de datos transmitidos desde los laboratorios y se actualizan los datos retrospectivamente.

Figura 1. Curva epidémica de contagios por fecha de toma de muestra.
Fuente: Departamento de Salud

Hay que recordar que, en ausencia de los datos provenientes de las investigaciones epidemiológicas de casos que capturan la fecha del inicio de los síntomas, la curva epidémica se construye con la mejor aproximación posible a esa fecha, utilizando la fecha de la toma de la muestra. El retraso entre la toma de la muestra y la fecha del reporte por los laboratorios no permite el análisis de los datos recientes mas actualizados.

En ambos picos de la epidemia, no podemos asumir que el total de casos confirmados y reportados representan la totalidad de los nuevos contagios en esas fechas. Se estima que los casos reportados representan una fracción 5-10 veces menor que los contagios totales. A pesar de no poder validar empíricamente que ambos picos representan fracciones equivalentes, la magnitud del ritmo de crecimiento es similar, y todavía el segundo pico recién comienza, indicando un alto potencial de transmisión comunitaria descontrolada.

Figura 2. Contagios por edad. Fuente: Departamento de Salud

La conjetura de que estamos sólo observando el resultado de clusters aislados de contagios debido a visitas de familiares desde los EEUU a la isla necesita confirmarse mediante investigaciones epidemiológicas. En ausencia de tal evidencia, los datos disponibles indican que el aumento es generalizado, que el aumento reciente es relativamente mayor en las personas de menos de 30 años y que, a pesar de que ciertamente los municipios con clusters de contagios reportados figuran entre los más afectados, el aumento se observa también, con menor magnitud relativa, en la mayoría de los municipios.

Al 5 de julio, un análisis por municipio indica que ocurrieron 577 contagios confirmados en toda la isla desde el 1 de junio. Esa cifra representa un exceso de 332 contagios a los esperados de acuerdo con la incidencia observada antes del 1 de junio. De esos 332 contagios, los municipios de Carolina, Bayamón y San Juan contribuyeron una tercera parte del exceso. A pesar de que la magnitud relativa del exceso de estos tres municipios es menor que para los municipios con clusters de contagios reportados en la prensa, su mayor población contribuye más al exceso de contagios. No fue así para otros municipios de mayor población que el promedio de la isla, como Caguas, Mayaguez, Guaynabo y Ponce.

La tendencia ascendente en la positividad de las pruebas moleculares durante el mismo periodo confirma la tendencia observada en la curva epidémica de contagios confirmados. Los resultados preliminares del porciento de positividad de 231,087 pruebas moleculares para COVID-19 registradas al 9 de julio en el BioPortal del Departamento de Salud, correspondientes a los días laborables del 30 de marzo hasta el 6 de julio de 2020, indican que el porciento de positividad se redujo de 11.3% el 30 de marzo de 2020 (pico de la epidemia) a 0.2% el 4 de junio y ha ido aumentando consistentemente desde el 5 de junio alcanzando un 5.2% de positividad el 6 de julio de 2020.

Figura 3. Defunciones COVID-19. Fuente: Departamento de Salud

La reciente tendencia al aumento en las hospitalizaciones y defunciones por COVID-19 completa un diagnóstico definitivo de repunte de la pandemia COVID-19 en Puerto Rico que amerita la más urgente atención tanto por parte del gobierno como de la ciudadanía. El inventario y las proyecciones de camas en hospitales y en las unidades de cuido intensivo (y los ventiladores) necesitan actualizarse a la brevedad posible con modelos estadísticos validados por la mejor información disponible.

Figura 4. Hospitalizaciones por COVID-19. Fuente: http://bit.ly/covidPR

Un aporte importante que se puede hacer desde la perspectiva salubrista y epidemiológica es continuar educando a la opinión pública en esta segunda etapa de la pandemia sobre la contribución de cada individuo a la cadena de transmisión del SARS-CoV-2.

Preceptos fundamentales:

  1. El virus SARS-CoV-2, causante de la pandemia COVID-19, se transmite de persona a persona.
  2. El contagio por COVID-19 depende de los TRES FACTORES que comprenden su potencial de reproducción (R):
    • Cantidad de contactos por persona (por día)
    • Probabilidad de transmisión
    • Duración de la contagiosidad (en días)

Todos los complejos modelos matemáticos que se elaboran para hacer proyecciones sobre el progreso de la pandemia se pueden reducir prácticamente al producto de esos tres factores:

R = C * P * D

R > 1: crecimiento de la pandemia

R < 1: control de la pandemia

Es importante que la ciudadanía comprenda su responsabilidad cívica para reducir el potencial de reproducción (R) a menos de 1.

  1. Si bien la D (duración) de la contagiosidad es una propiedad del virus, puede reducirse su expresión si cada contagio se identifica y se aísla con prontitud.
  2. La P (probabilidad) de transmisión, que es otra propiedad del virus, se reduce prácticamente por medidas de higiene (lavarse las manos con frecuencia), de protección personal (uso de mascarillas) y por el distanciamiento físico.
  3. Los C (contactos) por persona es el único factor totalmente controlable por cada persona, al evitar muchedumbres, al minimizar visitas a las esenciales o quedándose en casa.

El potencial reproductivo del virus, R, calculado teóricamente por complejos modelos matemáticos, se reduce prácticamente al promedio de la suma de todos las R individuales. Cada miembro de una comunidad contribuye con su voto al potencial reproductivo (R) del virus. Una persona en cuarentena, por ser contacto de un contagio, contribuye CERO a esa suma, desde el momento mismo en que comienza su cuarentena. Usar mascarillas y guardar distancias físicas minimizan la probabilidad de transmisión.

Adoptar y adaptar la exhortación de Tom Frieden a que toda persona implemente “the three Ws: wear a mask; wash your hands; and watch your distance.” En español podemos usar las tres Ms: máscarillas al salir en público; manos lavadas; mantener distanciamiento. –CBSNEWS

Un lockdown (toque de queda) es una medida drástica para reducir la C y así reducir la R a menos de 1. Las estadísticas actuales indican que urge examinar las premisas de la reapertura económica del país y del control de los aeropuertos, así como reevaluar la implementación de las medidas de contención para controlar la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2 en Puerto Rico.

La transmisión asíntomática que caracteriza a esta pandemia reduce la eficacia de las medidas de contención individuales, pero no las anula. Como ha sido intentado en otros países, es posible explorar una reapertura gradual y controlada, si bien implementada. Sin embargo, el equilibrio entre el derecho a la salud y al sustento es muy frágil y se debatirá sostenida y reiteradamente durante esta pandemia hasta que surjan tratamientos y vacunas seguras y eficaces.

¿Cómo saber que vamos en la dirección correcta? Existe una métrica fácilmente observable que nos indica si la R está por encima o por debajo de 1: el ritmo de crecimiento o reducción en la curva epidémica (Figura 1). Esa métrica se denomina r (en minúscula, rate en inglés). Ya se ha redactado un informe al respecto con los datos de la primera fase de la pandemia COVID-19 en Puerto Rico.

Hay una relación proporcional entre R y r. Cuando consistentemente aumentan los contagios COVID-19 confirmados diarios, aumenta r y, por consiguiente, aumenta R. Cuando aumenta R, es inevitable que posteriormente aumenten las hospitalizaciones y las defunciones por COVID-19. Sin embargo, desde la perspectiva del momento presente, esa posterioridad (“lag”) se reduce cuando la actualización de la curva epidémica se retrasa por una semana, como ocurre actualmente en Puerto Rico. Por eso, se pueden observar aumentos en hospitalizaciones casi simultáneamente con el aumento de los contagios, con el aumento en defunciones observándose poco después. Por lo tanto, dependemos de cuán fiables y actualizadas estén las estadísticas sobre la pandemia COVID-19 en Puerto Rico para saber si vamos en la dirección correcta o no.

Figura 5. Curva epidémica (Figura 1) anotada.

Urge que el sector privado, la sociedad civil y las organizaciones no gubernamentales sin fines de lucro, la academia y el gobierno aúnen esfuerzos para monitorear las estadísticas sobre la pandemia COVID-19 en PR de una manera oportuna, consistente y fiable. Hay que procurar que la ciudadanía se mantenga bien informada para tomar las precauciones y acciones preventivas correspondientes a la magnitud del riesgo. Las interpretaciones de los datos y las proyecciones estadísticas pueden variar de acuerdo con la opinión profesional de cada grupo y sector, pero los datos deben ser los mismos. Sólo una opinión pública bien informada puede enfrentar esta crisis con la debida prudencia y sabiduría. -JB [2020.07.11]


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COVID-19 PR

Alerta de repunte

Lo que se sabía antes: Baja tasa de positividad en las pruebas moleculares hasta mayo 2020 (reduciéndose desde el 10% al 12% alrededor del 30 de marzo (el pico) hasta el 0.3% a principios de junio).

Assessment of Early Mitigation Measures Against COVID-19 in Puerto Rico: March 15-May 15, 2020Valencia, M et al

Proyecciones IHME: Hay que vigilar la leve tendencia ascendente de los contagios COVID-19 que refleja el modelo IHME para Puerto Rico en las primeras semanas de junio, todavía sin impacto en las hospitalizaciones. Esta nueva tendencia coincide con la flexibilización de las medidas de mitigación. En nuestras próximas cápsulas informativas estaremos analizando estas nuevas tendencias. –JB [2020.06.25]

Lo que se sabe ahora: La tasa de positividad ha aumentado significativamente en el mes de junio (del 0.3% a un estimado de 2.1%). Esto ha coincidido con al aumento en movilidad comunitaria documentado por Google COVID-19 Mobility Reports. Esos aumentos todavía no se reflejan consistentemente en las estadísticas hospitalarias. La mortalidad COVID-19 continúa a la baja.

Interpretación epidemiológica: Se utilizan dos índices simultáneamente para evaluar la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2: las personas PCR positivo (curva epidémica) y la positividad de las pruebas moleculares. Ambos índices están revelando la misma señal consistentemente: AUMENTO de transmisión comunitaria, ¡ALERTA!

El aumento en la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2 sugiere un incremento en la movilidad en ausencia de medidas eficaces de protección personal y de distanciamiento físico. Hasta ahora, el Departamento de Salud (DS) —con una infraestructura salubrista y una red informática todavía frágiles— ha podido controlar, junto a los municipios, los clusters de casos, así como monitorear la entrada de contagios en el aeropuerto. Sin embargo, tan pronto los clusters de casos se conviertan en brotes sin control, sobrepasando la capacidad del DS para realizar pruebas e implementar medidas de contención (aislamiento y cuarentena), entonces, aún antes de que se comiencen a llenar los hospitales, habría que intervenir retornando a medidas parciales de mitigación (lockdown).

Urge reforzar el TRIANGULO PROTECTOR contra la pandemia y reevaluar las fases de flexibilización de las medidas de mitigación. Es también importante que la ciudadanía observe meticulosamente las medidas de protección personal (higiene, distanciamiento físico, uso de mascarillas) para minimizar los contagios. –JB [2020.07.03]


Datos actualizados

Figura 1. Curva epidemiológica

Observar tendencia ascendente en la curva epidémica de casos COVID-19 confirmados desde principios de junio.


Figura 2a. Positividad de pruebas RT-PCR (moleculares): diarias

Observar robusto total de pruebas diarias y el patrón ascendente desde mediados de junio que se incrementa significativamente durante la última semana de junio.

Fuente: Departamento de Salud

Figura 2b. Positividad de pruebas RT-PCR (moleculares): análisis semanal

Análisis JB

Figura 3. Regresión de splines

Observar que el porciento de la variabilidad de los datos explicado por el modelo es 85% (R2=0.85).

Análisis JB

Figure 4. Descomposición estadística de la serie temporal

Observar el patrón estacional (semanal) que, una vez ajustado, revela la tendencia secular.

Análisis JB
Análisis JB

Figure 5. Análisis de regresión segmentada (Pruebas moleculares: 30 de marzo al 30 de junio, 2020)

Observar que el ritmo de crecimiento se revierte, de una reducción de -4.9% diario en la positividad de las pruebas PCR hasta mayo a un incremento de +4.8% diario en junio.

Análisis JB

Changes for each day are compared to a baseline value for that day of the week:?The baseline is the median value, for the corresponding day of the week, during the 5-week period Jan 3–Feb 6, 2020.?The reports show trends over several weeks with the most recent data representing approximately 2-3 days ago—this is how long it takes to produce the reports. –Google COVID-19 Community Mobility Reports


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